ORCAジョブ(osub)
概要
osubは、量子化学計算ソフトウェア ORCA のジョブ投入を簡単にするコマンドです。
インプットファイルがあればジョブを投入することができます。
サポートするORCAバージョン
4.2.1, 5.0.3, 5.0.4, 6.0.1, 6.1.0(デフォルト)
基本的な使い方
最もシンプルな実行例
$ osub input.inp
これで以下の設定で計算が実行されます：
- ORCA 6.1.0
- 8 CPUコア
- 1200 MB/core メモリ
- 72時間の時間制限
よく使われるオプション指定例
# CPU数とメモリを指定
$ osub -np 16 -m 1500 input.inp# ORCAバージョンを指定
$ osub -v 5.0.4 -np 4 input.inp# 大容量メモリ（largemem）
$ osub -np 64 -m 6000 -j largemem input.inp# マルチノード実行 (4ノード×64コア = 256コア並列)
$ osub -np 64 --nodes 4 input.inp# 複数ファイルを一度に投入 (逐次実行)
$ osub -np 8 *.inp
主要オプション
リソース指定
| オプション | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|
-np, --ncpus | CPU数 | 8 |
-m, --maxcore | メモリ/コア (MB) | 1200 |
--nodes | ノード数 | 1 |
-mp, --mpiprocs | MPIプロセス数/ノード | ncpusと同じ |
-t, --walltime | 計算時間制限 | 72:00:00 |
ORCA設定
| オプション | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|
-v, --version | ORCAバージョン | 6.1.0 |
--noedit | 入力ファイル編集をスキップ | False |
-ng, --nprocs-group | サブタスク並列数（ORCA6のみ） | - |
ジョブ制御
| オプション | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|
-j, --jobtype | ジョブタイプ指定 | 自動判定 |
-g, --group | ユーザーグループ指定 | プライマリグループ |
-P, --prep-only | スクリプト生成のみ | False |
その他
| オプション | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|
-O, --overwrite | 既存ファイル上書き | False |
--mail | メール通知 | False |
--name | ジョブ名指定 | - |
--autoname | ファイル名からジョブ名自動生成 | False |
トラブルシューティング
よくあるエラーと対処法
1. ERROR: invalid ncpus value
# 65-127コアは使用不可
$ osub -np 100 input.inp # ❌ エラー
# 正しい指定
$ osub -np 64 input.inp # ✅ OK
$ osub -np 128 input.inp # ✅ OK
2. メモリ不足
# メモリを増やして再実行
$ osub -np 8 -m 1500 input.inp
# または大メモリジョブタイプを使用
$ osub -np 64 -j largemem input.inp
デバッグ情報の表示
# スクリプト生成のみ（投入はしない）
$ osub -P -np 8 input.inp
生成されるファイル
ジョブスクリプト
H-<PID>.sh: PBS用ジョブスクリプト
編集済み入力ファイル
<元ファイル名>.ap: リソース設定が追加された入力ファイル
出力ファイル
<インプットファイル名>.out: ORCA計算ログ
サポート・お問い合わせ
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