ORCAジョブ(osub)

概要

osubは、量子化学計算ソフトウェア ORCA のジョブ投入を簡単にするコマンドです。
インプットファイルがあればジョブを投入することができます。

サポートするORCAバージョン

4.2.1, 5.0.3, 5.0.4, 6.0.1, 6.1.0(デフォルト)

基本的な使い方

最もシンプルな実行例

$ osub input.inp

これで以下の設定で計算が実行されます：

  • ORCA 6.1.0
  • 8 CPUコア
  • 1200 MB/core メモリ
  • 72時間の時間制限

よく使われるオプション指定例

 # CPU数とメモリを指定
 $ osub -np 16 -m 1500 input.inp

 # マルチノード実行 (4ノード×64コア = 256コア並列)
 $ osub -np 64 --nodes 4 input.inp

 # リソースを多めに確保して1コアあたりのメモリ数を増やす(8コア並列、2400 MB/core)
 $ osub -np 16 -mp 8 -m 2400 input.inp

 # ORCAバージョンを指定 
 $ osub -v 5.0.4 -np 4 input.inp

 # 大容量メモリ（largemem）
 # -np は 64 or 128 
 $ osub -np 64 -m 6000 -j largemem input.inp

 # 計算ノードのローカルスクラッチを使用しない (作業ディレクトリで計算の途中経過が見られる)
 $ osub -N input.inp 

 # 複数ファイルを一度に投入 (逐次実行)
 $ osub -np 8 *.inp

主要オプション

リソース指定

オプション説明デフォルト
-np, --ncpus確保するCPU数8
-m,  --maxcoreメモリ/コア (MB)1200
--nodesノード数1
-mp, --mpiprocsMPIプロセス数/ノードncpusと同じ
-t, --walltime計算時間制限72:00:00

ORCA設定

オプション説明デフォルト
-v, --versionORCAバージョン6.1.0
--noedit入力ファイル編集をスキップFalse
-N, --no-local-scratchローカルスクラッチ使用を無効化False
-ng, --nprocs-groupサブタスク並列数（ORCA6のみ）-

ジョブ制御

オプション説明デフォルト
-j, --jobtypeジョブタイプ指定自動判定
-g, --groupユーザーグループ指定プライマリグループ
-P, --prep-onlyスクリプト生成のみFalse

その他

オプション説明デフォルト
-O, --overwrite既存ファイル上書きFalse
--mailメール通知False
--nameジョブ名指定-
--autonameファイル名からジョブ名自動生成False

入力ファイルの処理

外部ファイル参照の自動処理

osub は入力ファイル内の外部ファイル参照を自動的に検出し、スクラッチディレクトリでの実行に対応するため、相対パスを絶対パスに変換します。

自動検出の対象となる外部ファイル

ピリオドを含む文字列（小数値を除く）

処理の動作

  • 相対パス → 絶対パスに自動変換 (<元ファイル名>.ap に反映)
  • 絶対パス → そのまま維持
  • 存在しないファイル → ジョブ投入時に警告を表示

明示的な外部ファイル指定

自動検出されないファイルを手動で指定する場合：

# ピリオドを含まないファイルを明示的に指定。
# インプットのbasis、coordが絶対パスに変換される

$ osub --external-files basis --external-files coord input.inp

トラブルシューティング

よくあるエラーと対処法

1. ERROR: invalid ncpus value

 # 65-127コアは使用不可

$ osub -np 100 input.inp  # ❌ エラー

 # 正しい指定

$ osub -np 64 input.inp   # ✅ OK

$ osub -np 128 input.inp  # ✅ OK

2. メモリ不足

# リソースを多めに確保して1コアあたりのメモリ数を増やす
 $ osub -np 16 -mp 8 -m 2400 input.inp

# またはlagememジョブタイプを使用 
$ osub -np 64 -j largemem input.inp

デバッグ情報の表示

# スクリプト生成のみ（投入はしない） 
$ osub -P -np 8 input.inp

実行直後に生成されるファイル (-N オプション無し)

ジョブスクリプト

  • H-<PID>.sh: PBS用ジョブスクリプト

編集済み入力ファイル

  • <元ファイル名>.ap: リソース設定が追加された入力ファイル

サポート・お問い合わせ

使用方法に関する質問や不具合報告は、システム管理者までお問い合わせください。

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