AlphaFold 3.0.4 を導入しました

AlphaFold 3.0.4 を導入しました。CPU でも最後まで実行できるようになっています。ジョブサンプルは /apl/alphafold/samples/3.0.4 以下にあります。

CPU での実行には --flash_attention_implementation=xla --jax_backend=cpu の指定が必要のようです。なお、CPU での実行は非常に時間がかかるため、短い配列の場合以外は GPU の利用を推奨します。

導入時のメモは https://ccportal.ims.ac.jp/node/4025 にあります。